Последствия многочисленных катастроф и безжалостных сражений с Ангелами оставили планету в руинах. С поражением последнего из этих чудовищных существ стали зарождаться надежды на мирное существование. Однако врожденные недостатки человеческой натуры вскоре взяли верх, затмив разум и единство. Выжившие лидеры и заговорщики, движимые корыстью, стремились разделить еще тлеющий мир и разжечь между собой новый конфликт, бессердечно забыв трагедии прошлого. В этом коварном ландшафте тайная организация, известная как Seele, вынашивала зловещий заговор против компании NERV. Их целью было завладеть секретными технологиями, принадлежащими NERV, и провести сомнительный эксперимент над человечеством. Чтобы получить важную информацию, в которой они нуждались, наемники-манипуляторы нацелились на Токио-3, укрепленный подземный город, намереваясь похитить выживших детей Второго удара. Оказавшись посреди этой суматохи, Синдзи Икари вынужден еще раз пересмотреть свою жизнь. Продолжающийся хаос и жадность взрослых вокруг него поднимают глубокие вопросы о ценности его действий. Как пилот, способный управлять грозным биомеханическим Евангелионом, Синдзи размышляет, правильно ли защищать человечество, омраченное мелочностью и коррупцией. Вес его мыслей и воспоминаний усиливает его чувство сожаления о событиях, разворачивающихся перед ним. Эти пилоты, охваченные внутренним смятением, доблестно сражались с чудовищными Ангелами, чтобы спасти жизни тех, кто теперь ищет их смерти и исследования их безжизненных тел. Столкнувшись с таким предательством, Синдзи вынужден принять судьбоносное решение — сохранить хрупкое существование человечества или победить каждого представителя этого развращенного вида, который угрожает их выживанию.