Гаунам, безмозглым колоссальным существам, удалось уничтожить солнце, бросив вызов человечеству из-за их огромных размеров и силы. Чтобы избежать неминуемой гибели, люди бежали с Земли на борту пилотируемых кораблей, известных как Сидония, которые стали их новым домом. Путешествуя по бескрайним просторам Вселенной, они ускользают от безжалостной погони Гауны, стремящейся их уничтожить. Среди выживших есть Нагате Таниказе, обладающий замечательным талантом пилотирования боевых технологий. В результате он берет на себя роль пилота одного из боевых роботов, специально разработанных для борьбы с Гауной и защиты человечества от их разрушительных действий. Благодаря своей неустанной решимости Нагате постепенно превращается в грозного воина, заслуживая уважение и восхищение окружающих. Его способность победить Гауну в битве и внести значительный вклад в продолжающуюся войну делает его могущественной и влиятельной фигурой. С течением времени становится очевидным, что Нагате держит ключ к выживанию человечества, поскольку он воплощает в себе силу, способную победить своих противников и предотвратить вымирание своего вида.